Самая частая проблема - Samba хочет запустить свой встроенный BIND 9, а в системе по умолчанию уже запущен отдельный BIND 9. Вам необходимо отключить штатный BIND 9 и перезапустить Samba. Тогда у них не будет конфликта за порт DNS. Могут быть и другие проблемы, но тогда нужно больше подробностей.