Устанавливал за раз по нескольку доменов в одной команде
Таким образом был получен multidomain сертификат. Во вкладке "Состав" можно посмотреть в определенном поле список доменов, для которых сертификат выдан.
Если в качестве прокси-сервера выступает nginx, а nodejs за ним спрятан, то для nodejs сертификат не нужен.
Просто в конфиге nginx для нужного локейшена добавить: proxy_pass http://127.0.0.1:3000;