Mysterion

Зачем тогда функция unset

Чтобы высвободить память и удалить объект, например.
Вы что-то делаете не так, если у Вас при попытке удалить объект с помощью функции unset не вызывается метод __destruct.
Вероятно, этот класс вызван где-то еще.