1) убирать в .js верстку - не лучшее решение.
2) использовать onclick у тегов тоже не лучшая практика (кроме ряда исключений).
2) Передать из php в .js переменную (id в данном случае) можно путем присвоения js переменной значения в php файле и использования этой переменной в js файле. НО это ОЧЕНЬ плохой стиль. +возможны проблемы с облостями видимости и очередностью исполнения кода.