А в настройках убрана галочка skip external changes? Указан upload при сохранении, при явном сохранении или при смене активного окна? Может проблема в устройстве? (Медленный жесткий или типо того)
Офтоп. vscode с плагином sftp не пробовали? там есть настройка watcher которая отслеживает расширения файлов которые будут указаны, да и работать в нем в разы приятнее чем саблайме