Владислав

PDO использовать более правильно

Объект реализует "ленивую" загрузку, т.е. свойства получают результат только после обращения к ним.

Берете любой CSV парсер с github для вашего любимого ЯП, пишите небольшую програмку, которая всё это вам сделает. Всё это займёт 10 мин.

Попробуйте, может быть поможет habrahabr.ru/post/129482
update: И наверное стоит задуматься о переходе проекта как минимум на php 5.6 и смене mysqli на PDO. Если проект растёт, то дальше будет хуже. Так же стоит задуматься об использовании nginx cache для fpm, мы с его помощью сняли нагрузку с бэкэнда и повысили скорость ответа от сервера с 550 мс, до 180, с учетом, что сервера в США.