Создайте приблизительно такую структуру проекта:
project/
project/src/
project/src/scss/
project/src/js/
project/src/images/
Создайте package.json командой npm init, заполните всю информацию, название проекта, автор, зависимости и т.д. Установите gulp, создайте git репозиторий и файл gitignore в котором будут папки node_modules/ app/ и т.д. Создайте gulpfile.js, добавьте его в индекс(в репозиторий) и сделайте первый коммит. Затем напишите пару задач в gulpfile.js и установите пару модулей. Все ваши исходники будут собираться в папку app/, а в ней уже будут app/css, app/js, app/images и т.д.
В итоге ваш проект можно будет легко поднять просто клонировав репозиторий и сделав npm install, а затем запустив gulp.