MorphyZ

Решил вопрос тем, что в матаданные нужно было добавить параметры битрикса. Оставлю тут, может пригодится кому

'metadata' => [
                'BX_PAYMENT_NUMBER'    => $paymentNumber,  - номер платежа
                'BX_PAYSYSTEM_CODE'    => 12,  -айди юкасса
                'BX_HANDLER'           => 'YANDEX_CHECKOUT',
                'cms_name'             => 'api_1c-bitrix',
            ],