Решение простое: удаляем из папки /home/rokker/yadisk скрытую папку .sync и перезапускаем демон. Команда в консоли:
rm -R /home/rokker/yadisk/.sync
yandex-disk stop
yandex-disk start
Поразительно, что единственное упоминание об этой ошибке Google находит только в этом посте и ни одного решения.