Для разных версий ОС и разной архитектуры машины все равно придется распространять разные дистрибутивы.
Так что остаются только разные версии eclipse и octave. Тут можно просто собрать все варианты и запихнуть в инсталлятор, а при установке детектировать (или спрашивать) необходимые версии ПО и соответственно устанавливать ту, которая подойдет.
