Решением оказалось собрать сами druntime и phobos вручную с включенной опцией gcc и dmd -fPIC. Сделал пулл реквест с патченными мэйкфайлами в официальный репозиторий, посмотрим, примут ли, но у себя все собрал, всем спасибо.
Для разных версий ОС и разной архитектуры машины все равно придется распространять разные дистрибутивы.
Так что остаются только разные версии eclipse и octave. Тут можно просто собрать все варианты и запихнуть в инсталлятор, а при установке детектировать (или спрашивать) необходимые версии ПО и соответственно устанавливать ту, которая подойдет.
