Непонятно зачем делать конкатенацию и минификацию средствами веб-сервера на лету. Неужели у вас каждый раз генерируются уникальные стили и скрипты?
Проще на этапе генерации (если всё-таки это один раз, а не постоянно) сконкатинировать, минифицировать и сжать, а уже в таком виде отдавать.
Собственно для первых двух вариантов есть Grunt, Gulp и прочие сборщики, либо специфичные для вашей системы.
У Nginx есть директива
gzip_static, которая позволяет отдавать заранее минифицированный файл.
