Хм, там же все подробно расписано, в конфигах прописываешь конфигурации баз, а в модели с помощью getDbConnection указываешь к какой базе принадлежит модель
class Model extends CActiveRecord {
public function getDbConnection(){
return Yii::app()->db2; // db2 - имя базы из конфига
}
}
Уточни что конкретно тебе не понятно.
