Я в свое время отказался от py2exe, т.к. он создавал какую-то зависимость на DLL студии, и даже забирание указуемых DependencyWalker-ом файлов не помогало -- созданный экзешник не собирался запускаться, жалуясь на отсутствие этих DLL. Я использовал PyInstaller, он, к тому же, поддерживает 3-й питон и DependencyWalker не показывал каких-либо зависимостей.