Webpack просто выполняет сбор пакетов, что вы написали, то он и попытается собрать в любом случае. Если он обновляет модули, то он спрашивает вас, вы либо соглашаетесь, либо нет. Определенные пакеты имеют зависимость версий и это может привести к проблемам совместимости, вы должны следить за этим. И по-хорошему всё лишнее удалять, для себя же, чистота кода. Не понимаю, зачем вам лишние пакеты в сборке, создают путаницу и занимают место.