В Word можно повторять заголовки таблицы (один или несколько верхних рядов) на каждом листе, а название разделов, наверное, можно вынести в колонтитул (оформить разделы как sections, у sections можно задавать колонтитулы независимо).
Сливать отсортированные массивы удобно с помощью кучи. Пусть n — общее число элементов и k — количество массивов. Делаем кучу из k элементов, укладываем в нее первые элементы массивов. Затем на каждом шаге извлекаем из нее минимальный элемент (log k) и добавляем обратно тот, который следует за ним в массиве (log k). Общая сложность этого шага — 2n log k.