Потому что когда вы кладете элемент в определенное место формы, для того, что бы он там оказался, студия выставляет соответствующие отступы, иначе он будет в верхнем левом углу.
Я бы посоветовал не использовать дизайнер, а писать xaml код руками, так вы лучше контролируете разметку
