Михаил Р.

RewriteEngine On
# /folder/ => /folder/file-name/
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/folder/.+/(p[0-9]+)\.php$
RewriteRule ^folder/.+/(p[0-9]+)\.php$ /folder/%1/ [R=301,L]

как в RewriteCond сделать правило на просмотр файла и если в нем есть совпадения с %{HTTP_COOKIE}

Если можно изменить конфиг апача, то можно использовать RewriteMap с файлом:

RewriteMap blocked txt:/banned.txt
RewriteCond %{HTTP_COOKIE} PHPSESSID=(.+)
RewriteCond ${blocked:%1} =1
RewriteRule ^ - [F]

Если возможности модификации конфига апача нет, то только средствами python (например), переадресовывая на этот скрипт, который уже будет выполнять все манипуляции, но в таком варианте, производительность будет не такая быстрая, как у апача или nginx.

Как сделать исключение для Logout?

Отменяем любые правила, если обнаружен url /wp-login.php:

# .htaccess
RewriteEngine On

# if url /wp-login.php
RewriteCond %{QUERY_STRING} action=logout [NC]
RewriteRule ^wp-login\.php$ - [L]

# else other rulles
RewriteCond %{THE_REQUEST} \?
RewriteCond %{QUERY_STRING} !^p=
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/wp-admin
RewriteRule .? https://site.com%{REQUEST_URI}? [R=301,L]

WordPress functions.php (для категорий, нужно очистить кэш wp (если используется)):

// add a slash at the end of the url for categories
function add_url_slash_from_categories() {
    global $wp_rewrite;
    $wp_rewrite->category_base = 'category/';
    $wp_rewrite->tag_base = 'tag/';
    $wp_rewrite->flush_rules();
}

add_action('init', 'add_url_slash_from_categories');

WordPress functions.php (для всех, нужно очистить кэш wp (если используется)):

// add a slash at the end of the url of all urls, excluding files
function add_url_slash($url) {
    if (!preg_match('/\.[a-zA-Z0-9]+$/', $url)) {
        $url = trailingslashit($url);
    }
    return $url;
}

add_filter('add_url_slash', 'add_slash_to_all_urls');

.htaccess (для всех, 301 редирект):

# set 301 redirects for all urls without a slash at the end to a slash
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^category/(.*)$ /category/$1/ [R=301,L]
RewriteRule ^tag/(.*)$ /tag/$1/ [R=301,L]

/index.html - это дубль главной страницы, любых дублей быть не должно.

Необходимо:
1. Закрыть от индексации все дубли (если такие имеются).
2. Сделать 301 редирект с дублей (если такие имеются) на оригинальные страницы.
Как правильно удалить дубли одной страницы?

Т.к. в вопросе не указаны:
- Требования по соблюдению вложенности и параметров url;
- Тип редиректа;
- Расположение .htaccess.

То напишу 2 варианта (с и без вложенности и параметров), а оба варианта будут использовать 301 редирект.

Предполагается, что .htaccess находится в корневой директории домена:

# 123.ru > redirect 301 > http://12345.ru,
# 123.ru/?test=123 > redirect 301 > http://12345.ru,
# 123.ru/cats/?test=123 > redirect 301 > http://12345.ru:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^123\.ru [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://12345.ru/ [L,R=301]

# 123.ru > redirect 301 > http://12345.ru,
# 123.ru/?test=123 > redirect 301 > http://12345.ru/?test=123,
# 123.ru/cats/?test=123 > redirect 301 > http://12345.ru/cats/?test=123:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^123\.ru [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://12345.ru/$1 [L,R=301]

UPD: вариант с перенаправлением любого маршрута (втч. с url параметрами) на 12345.ru:

# 123.ru/cats/?test=123 > redirect 301 > http://12345.ru:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^123\.ru [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://12345.ru/ [L,R=301]