Есть ещё вероятность утечки пароля от админа сайта. У нас так украли пароли сохраненные в firefox без мастерпароля. Дальше зашли в админ, залили шелл на сервер и меняли уже всё что хотели.
Так что я бы посоветовал сменить пароли и от админа и проверить сайты на наличие левых скриптов…
