создайте директорию в винде, к примеру C:\shared folder
из подсистемы Linux путь к этой директории будет таким /mnt/c/shared folder
Все изменения в этой директории будут видны из подсистемы Linux. Не трогайте вообще файлы в директории C:\Users\username\AppData\Local\lxss.
Поместите проект в директорию windows, хоть на рабочий стол, куда угодно. Для nginx root будет выглядеть как /mnt/$drive_letter/$path, где $drive_letter - буква диска, $path - путь к root директории проекта в unix стиле, без виндовых бэкслэшей и с соблюдением регистра букв в пути.