MeylisDay

В baseDir нужно указать директорию.
Вот для примера, как выглядит мой конфиг

var config = {
    server: {
        baseDir: "build/"
    },
    tunnel: true,
    host: 'localhost',
    port: 3000,
    directoryListing: true,
    logPrefix: ''
};

Решил проблему. Проблема была не в конфигурации сборки файлов, а в правильности подключения кастомных файлов js в общем файле main.js (как бы это парадоксально не звучало). До этого не знал, что если в html коде блок кода идет первым то и в общем файле сборки js он должен идти выше остальных, теперь знаю на собственном опыте.