Merzley

Дело в том, что точка остановки это точка которая БУДЕТ выполнена, а не УЖЕ выполненная. Т.е. когда XDebug останавливается на строчке
$arr = [0,1,2,3,4,5];
это означает, что эта строчка только БУДЕТ выполнена. Соответственно, поскольку до этой строчки переменная $arr нигде не объявлена, то до выполнения это строчки переменной вообще не существует. Переменная создается во время выполнения этой строчки.

UPD
Если вопрос заключается в том, почему переменной не существует до выполнения строчки
$arr = [0,1,2,3,4,5];
то представьте гипотетическую ситуацию

function TestFunction(){
    if ($_REQUEST['some_key'] == 1)
        return [1,2,3,4,5];
    else if ($_REQUEST['some_key'] == 2)
        return '12345';
    else if ($_REQUEST['some_key'] == 3)
        return 12345;
    //и т.д.
    else
        return null;
}

$arr = TestFunction();

var_dump($arr);

В этом случае в переменную $arr могут попасть кардинально разные значения, зависящие исключительно от того, что пришло в запросе. PHP не в состоянии предсказать, какой тип переменной создавать для $arr до того как выполниться функция TestFunction(). Именно поэтому в PHP переменные не существуют до первого присвоения. Это особенность любого языка с динамической типизацией.