Melkij

И там, и там 16 линий вроде бы.

А если внимательно? https://www.asus.com/ru/Motherboards/Z87MPLUS/spec...

1 x PCIe 3.0/2.0 x16 (x16 mode, yellow)
1 x PCIe 2.0 x16 (x4 mode, ) *1

А если очень внимательно:

*1: The PCIe x16_2 slot shares bandwidth with PCIe x1_2 slot. The default setting is x2 mode. Go to the BIOS setup to change the settings.

На залежавшиеся железки бывают иногда неадекватные ценники.
Для его родного 2013 года характеристики не самые плохие. Насколько ретроспективно могу сходу найти - конкурировать с intel DC S3700 хотели. Впрочем ценник в $1300 и тогда был бы неадекватен, не то что сейчас (каких-то MSRP не нашёл для ориентира).

SMART overall-health self-assessment test result: FAILED!
Drive failure expected in less than 24 hours. SAVE ALL DATA.

Труп. Не надо это исправлять.

Какая разница с потерей данных?
Данные нужны? Значит у вас есть бекапы.
Если нет бекапа - значит данные не нужны и не важно, какого типа расходник там сдох. Всё равно долго и дорого восстанавливать, даже если удастся нужные файлы восстановить.

Если у вас нормальные SSD (а для hetzner это надо отдельно выяснять - могут откровенный мусор поставить под видом datacenter ssd) - то вам вообще не нужен RAID-контроллер.
Разве только вы умеете конкретно этот контроллер аккуратно настраивать под работу с SSD. Иначе вы упрётесь в производительность контроллера, а не в возможности накопителей. RAID контроллеры уже давно не успевают за хорошими SSD

Едва пролезет мизинец - это по меньшей мере сантиметр места. Это дофига места. Типичное плотное расположение дисков - расстояние в считанные миллиметры.
Что с ними будет при этом - им всё равно. И крайне не всё равно на собственную температуру. По-дурацки спроектированный корпус может допускать перегрев даже одного диска. Смотрите в мониторинг, оптимальная температура диска и в простое и в нагрузке расположена в диапазоне 35-45С.
Соответственно при плотной компоновке может потребоваться более мощный обдув.

SSD - всё равно, жёстких требований к установке и рабочей температуре нет.

Ммм. Вопрос: а нафига вам низкоуровневая работа-то? Более чем высокоуровневого CRUD уровня файла достаточно.

Берёте любой *nix. Всё есть файл, следовательно задача решена. Открываете /dev/sd? на чтение-запись обычными файловыми операциями. fseek'ом перемещаетесь, пишете-читаете кусками по 2кб. Остальное взаимодействие с накопителем оставляете ядру.
Чего-нибудь только придумать с сисадмином, чтобы разрешить операции без запуска всего приложения от рута.

Вопрос номер следующий: у вас и ваших коллег действительно достаточно опыта проектирования и эксплуатации СУБД и файловый систем для реализации всего пласта журналирования, обеспечения восстановления после аварий и консистентности данных?

Смотрите примечания к прошивке. Какие-то обновления очищают диск, какие-то нет.

В любом случае - бекапы.