Melkij

Регулярный старт-стоп нужен для энергосбережения - то есть может быть нужен, не факт что на регулярный старт не будет потрачено больше энергии чем на поддержание постоянной скорости вращения - в зависимости от частоты уходя в сон.
Для самого диска - исключительно вредно. Количество циклов парковки головок ограничено возможностями механики, старт массивного массива дисков даёт заметную нагрузку на двигатель (в серверах диски не редко сыпятся именно при старте, тогда как 5 минут до выключения были живые), при выключении диск остывает, при старте резко нагревается - а температурные колебания так же вредны для механики. В отличии от поддержания постоянной скорости вращения с примерно постоянной температурой - тепличные условия.

1) долго ли протянет мой hdd при подключении через sata-usb с учётом того, что он никогда не прекращает вращение?

Если не помрёт БП вместе с диском - то скорей всего дольше, чем при постоянной старт-стопе.

2) можно ли получить доступ к данным SMART при таком подключении?

Зависит от переходника, только экспериментировать.

Ноутбучным HDD вы даже за возможности SATA1 очень сомневаюсь что выйдете. 150мб/с для HDD - это весьма приличная цифра.
Для механики sata3 имеет смысл только в ту же цену, что и sata2.

Смысла нет, одна фигня.

Тестируя запись поверх NTFS вы тестируете производительность CPU, а не USB или диска.
Работайте напрямую с блочным устройством - получите скорость блочного устройства.
dd if=/dev/zero of=/dev/sd? bs=1M count=1024
(На всякий случай - имеющиеся данные будут перезаписаны)
Или хотя бы поверх чего-нибудь нативного: ext4, xfs.
btrfs, помнится, тоже весьма CPU-intensive нагрузка.

Под "Внешняя скорость передачи данных" в этом случае понимается пиковая теоретическая скорость интерфейса. Бесполезная циферка.

Смотрите утилизацию сети и утилизацию диска. Возможно вы утилизируете полностью сеть. Гигабитку занять, в общем-то, не проблема.

Едва пролезет мизинец - это по меньшей мере сантиметр места. Это дофига места. Типичное плотное расположение дисков - расстояние в считанные миллиметры.
Что с ними будет при этом - им всё равно. И крайне не всё равно на собственную температуру. По-дурацки спроектированный корпус может допускать перегрев даже одного диска. Смотрите в мониторинг, оптимальная температура диска и в простое и в нагрузке расположена в диапазоне 35-45С.
Соответственно при плотной компоновке может потребоваться более мощный обдув.

SSD - всё равно, жёстких требований к установке и рабочей температуре нет.

1) нет, нереально. LBA является абстракцией и адресуется по усмотрению прошивки диска.
2) прошивка может по собственному усмотрению в любое время перемещать трансляцию внешних LBA в любое место всего ей доступного массива памяти (именно доступного прошивке, что всегда больше доступного пользователю объёма).

Если вы ограничены местом - есть игрушки подобного плана: https://www.startech.com/HDD/Adapters/Dual-mSATA-S... Пара mSATA с чипом рейд-контроллера в формате 2,5" диска.
Для 3,5" наверняка и под пару 2,5" устройств есть подобные.

Хардварные ограничения: текущий стандарт адресации (2003 года) LBA-48 требует 48-битные абреса блоков, т.е. 2^48 блоков - устройства до 128 ПиБ.

По софту:
Старый MBR ограничен в 2,2Тб, есть такое. Размечать диск надо будет в GPT, там 64-битные адреса.
Debian - это вам не странные windows, а нормальный Linux. Никаких бредовых ограничений на использование GPT нет. Хоть системный, хоть загрузочный, хоть с UEFI, хоть с BIOS - ему всё равно. Будет загружаться и работать как ни в чём не бывало.

Отчёт программы от производителя - основание для гарантийного обращения. Помнится, SeaTools называется.

Любой имеющийся bad-блок, нарушающий работу диска (например, сектор никак не читается, таймаут истекает, или же считывается не то, что было записано), т.е. remap диском выполнен не был - да, основание для гарантийного обращения. СЦ при этом может выполнить remap и вернуть диск обратно как есть.
Показатели SMART - нет, не являются. Будут являться гарантийными только если так решит официальный софт или документация от производителя.

Ваш BIOS при старте помимо прочего опрашивает диски на предмет самочувствия по SMART'у.
Результатом ответа диска WD1600BEVS BIOS остался недоволен, посчитал статус критичным, о чём и сказано в ошибке. Повезло, диски чаще просто тихо помирают, а не предупреждают.

Дальше надо смотреть собственно отчёт SMART, проверять актуальность бекапов, и, скорей всего, искать новый диск на замену.

Ммм. Вопрос: а нафига вам низкоуровневая работа-то? Более чем высокоуровневого CRUD уровня файла достаточно.

Берёте любой *nix. Всё есть файл, следовательно задача решена. Открываете /dev/sd? на чтение-запись обычными файловыми операциями. fseek'ом перемещаетесь, пишете-читаете кусками по 2кб. Остальное взаимодействие с накопителем оставляете ядру.
Чего-нибудь только придумать с сисадмином, чтобы разрешить операции без запуска всего приложения от рута.

Вопрос номер следующий: у вас и ваших коллег действительно достаточно опыта проектирования и эксплуатации СУБД и файловый систем для реализации всего пласта журналирования, обеспечения восстановления после аварий и консистентности данных?