Содержимое пакета подсказывает, что пакет cups и не содержит doc-root:
https://packages.debian.org/jessie/all/cups/filelist
Зато есть тут:
https://packages.debian.org/jessie/all/cups-server...
/etc тоже по нескольким пакетам раскидан.
В общем, вы удалили только голову, понятно, что эта голова при приращивании обратно не стала лезть не в свои области, а установила только себя.
Сделайте apt-get autoremove --purge
