Со стороны СУБД:
Postgresql: pg_stat_statements
https://www.postgresql.org/docs/current/static/pgs...
Mysql: slow query log
dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/slow-query-log.html
Для других не в курсе, ну раз даже у mysql есть хоть что-то, то и у других точно что-нибудь будет.
Со стороны PHP - xdebug + kcachegrind точно скажет, где теряете время для конкретного запроса и как туда попали. Для мониторинга боевой системы в целом - посмотрите в сторону pinba.
Из самого кода проекта - непосредственно библиотеки доступа к субд профилированием не занимаются. Поэтому нужно смотреть конкретный проект, есть ли там место, куда можно воткнуть профилирование запросов.
