А ещё для научных вычисление на python обязательно нужно использовать NumPy. Иначе это будет очень медленно, из-за особенностей устройства циклов Python. И операции всатвки в список, гораздо более медленные чем обращение к numpy-массиву.
Поддержу sim3x. Pip умеет ставить в системные директории, но не умеет удалять оттуда. Устанавливать в системные директории лучше только питоновские пакеты из репозитория.
Видимо в моей проблеме это не применимо, так как у обоих пользователей этот каталог содержит только пустой каталог applications-merged и ссылку на него. Конечно можно просто создать нового пользователя - у него будет рабочее меню, но не будешь же создавать новых пользователей постоянно.