Посмотрите, что у вас получается в каком ни то htaccess тестере, например:
htaccess.madewithlove.be
Как видно, при входящем урле
example.com/bla.php на выходе вы получаете
http://example.com/bla\/ что как бы не совсем то.
Как минимум исправьте строку:
RewriteRule ^(.*)\.php$ $1\/ [L,R=301]
$1\/ заменить на $1/
