это не баг, просто свойство полностью заменяется. Т.е. смещение происходит не из заданной вами позиции, а из позиции по умолчанию, а matrix отображается, возможно, потому, что он содержит в себе почти все преобразования для элемента и браузеру удобнее из него считывать.
