Решил проблему вот так:
Создаем конфигурационный файл для домена
Для создания файла выполните команду
touch /etc/apache2/sites-enabled/domain.com
Открываем файл для редактирования любым удобным вам текстовым редактором и пишем в него:
ServerName domain.com
ServerAlias www.domain.com
DocumentRoot /var/www/sites/domain.com
CustomLog /var/www/httpd-logs/domain.com.access.log combined
ErrorLog /var/www/httpd-logs/domain.com.error.log
AddType application/x-httpd-php .php
, где вместо 1.1.1.1 - подставляем IP вашего сервера,
вместо domain.com - имя вашего домена.