ps. Тут на Phaser.js кто-нибудь пишет, есть смысл вопросы по нему задавать?
Это не форум, тут формат общения - вопрос-ответ. Один вопрос от тебя и много ответов от других.
Пиши с тегом javascript или phaser-js и тебе наверное ответят.
По поводу организации: как душе будет угодно. Но лучше все таки подойти к вопросу аналитически.
Как у тебя сменяются уровни? Ширма между сценами есть?
Если есть, то геймплей удобнее сделать двумя стадиями - стадией сцены игры и стадией ширмы. Если ширмы нет и геймплей не прерывается между уровнями, то лучше его оформить одной стадией.
Вот мой ответ: Подходи к вопросу аналитически, пойми что для твоей структуры геймплея будет удобнее. Информации ты никакой по своему вопросу не дал, так что и ответов внятных вряд ли можно ждать. Асам вопрос очень прост.