Зависит всё от тематики сервиса. Если это файлообменник - в первую очередь можно поработать над повторами файлов - хранить хэш файлов, к нему обращаться и не хранить повторы.
Также можно хранить данные в Яндекс.Диск, Dropbox и тому подобное.
Вводить лимитирование на скорость/объем.