Вдруг кому-то и сгодится.
У меня, для своих нужд, получилось следующим образом:
DirectorySlash Off
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.+)/$
RewriteRule ^(.*)/$ $1 [L,R=301]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^(.*)$ $1/index.php [L]
Это для директорий, которые ни как не хотели слушаться.
Для просто url-ов, можно добавить, ещё одну строчку:
RewriteRule ^(.*)/$ $1 [L,R=301]
