проблема в самом пакете jwt-node который ты используешь, он не установится на винде и заброшен автором уже как 8 лет https://github.com/mattrobenolt/jwt-node/issues/2
выход - искать более актуальный пакет
на сколько я понял это gulp-control в атоме? https://github.com/jacogr/atom-gulp-control/issues/6
такой функции нет, ребята советуют создать таск который ничего не делает, и собственно переключаясь на него обрывать текущий таск