Нашел конкретно для CMS Netcat при обновлении до v.5.5 может кому пригодится:
Делаем рекурсивно права через SSH:
chmod -R 0777 * или вместо звездочки папка сайта, но у меня с ней не получилось...
Запросы для возврата прежних прав по SSH:
find ./-type f -exec chmod 0644 {} \;
find ./-type d -exec chmod 0755 {} \;
chmod -R 0777 ./netcat/tmp/ ./netcat_dump/
chmod -R 0777 ./netcat_files/ ./netcat_trash/ ./netcat_template/
chmod 0755 ./netcat/admin/crontab.php
