Данные на серверах меги хранятся в зашифрованном виде и расшифровываются они на ПК пользователя (а так-же шифруются при загрузке, потоковое шифрование). Собственно, когда вы скачиваете файл, он сначала расшифровывается (при этом сохраняя расшифрованную часть файла во временное хранилище), а потом расшифрованный файл просто перемещается из временного хранилища в папку загрузки. Собственно из-за этого загрузка и происходит моментально, это не загрузка - это перемещение, а на сайте отображается реальный процесс загрузки (и расшифровки).
