Никак. Что бы появился req.body нужно разобрать тело запроса. Именно это и делает multer.
Как написано в
документации к body-parser:
This does not handle multipart bodies, due to their complex and typically large nature […]
Просто посмотрите в том же developer tools Хрома как выгдлядит форма отправляемая в фомате multipart/form-data и возможно поймёте почему её сложно парсить. И, вообще говоря, порядок полей может быть такой, что сначала будет идти файл, а потом нужный вам id.
В общем, как я уже говорил, нужно просто сохранять файл во временное хранилище, а потом перекладывать куда надо.