LuciferOverLondon

В гите это делается хуками на коммиты. Своим скриптом проверяете, кто коммитит и разрешено ли ему коммитить эти файлы. Сам скрипт, если он в проекте, тоже должен быть защищен хуком.
Есть ли хуки в гитхабе — я не в курсе.