Если я правильно понял ситуацию, проект нужно положить в папку /home/vallverk/.
То есть папка .git должна находиться в корне папки проекта. Ну, это в случае, если это не bare репозиторий - тогда у него вообще не должно быть рабочей директории с файлами проекта.
