Нашел наконец-то решение проблемы.
Проблема моя была в том, что я не понимал концепции работы с веб-частями, а теперь до меня дошло, что это обычный asp.net и работать с ним нужно как с asp.net сайтом.
Таким образом если вам необходимо например проинициализировать массив каких-либо элементов в javascript на ascx странице, вы можете использовать подобный код:
<script>
var test = '<%= BackendVariable%>';
</script>
В таком случае если в методе PageLoad была инициализирована эта переменная, она подставиться на место с скобками.
В другом случае, если необходимо рисовать нестандартную разметку допустим в цикле, можно использовать такие конструкции:
<% foreach (var item in collection)
{ %>
<p> <%= item %> </p>
<% } %>
Тогда при построении страницы будет создана специальная разметка по вашему циклу.
А теперь самое интересное! В Sharepoint 2013 есть возможность пользоваться REST API для доступа к спискам. Оказалось это не так сложно, как я думал. Если выбрать этот подход, то можно практически не пользоваться .NET для обработки запросов, а просто использовать фреймворки а-ля Angular/ExtJS/Knockout.
Возможно в коде допущены незначительные ошибки - писал сразу сюда.
