Не уверен насчет Апача, но на IIS такая проблема возникает, когда нет биндинга для адреса с www.
Другими словами для веб сервера адреса www.domain.com и domain.com абсолютно разные и биндить их к определенному сайту нужно отдельно каждый. Не уверен что помог, но надеюсь, что направление дал успешное.
