Есть такое понятие точка входа... к ней подключаются необходимые файлы и получается дерево.
Для админки и приложения нужно разделить точки входа.
Я например так делаю:
//webpack.base.conf.js
export default {
entry: {
adminka: `${PATHS.src}/scripts/adminka.js`,
app: `${PATHS.src}/scripts/app.js`
},
//...
}
В итоге в папке dist будет 2 файла: adminka.js и app.js.