keystore — это файл-хранилище, в котором может быть несколько пар приватных и публичных ключей, каждая пара идентифицируется alias'ом. Сам keystore, а так же каждый alias может защищаться паролем, чтобы получить к нему доступ.
соответствуенно вам нужен только keystore.
а дальше нужно смотреть параметры jarsigner, возможно вы указали неправильный пароль к хранилищу…
