Пробовал файлы .bat создавать? Это просто текстовый файл одна строка одна команда.
start.bat можно создать в любом месте
@echo off
d:
cd "\Program Files\Java\jdk1.7.0_25\BIN"
javac HelloWorld.java
за полнофункциоальность не проверял, скорее просто как просто подсказка
Первая строка убирает вывод текста команд
Вторая строка задает текущим диск D:
Третья переходит в нужную тебе папку (какую именно сам должен определить)
Четвертая запускает
