1. Урлы настраиваются подробнейшим образом как вам нужно.
Почитайте про url manager rules. В том числе и про параметризацию урлов.
Тот же указанный вами урл mysite.ru/catalogue/kitchen/microwave можно записать в виде такого роута
'catalog(/<catname:\w+>(/<subcatname:\w+>)?)?' => 'catalog/view',
Тогда вызовется экшен view контроллера catalog, в который будут переданы в GET параметры catname и subcatname
Настраивать можно как угодно, правило роутинга - это по сути те же регулярки, которые можно написать так как надо.
2. Для создания админки есть как отдельные модули, так и возможности разделения фронтдора и бекдора. На хабре это подробно описывалось. Поищите
3. А что мешает посмотреть какой метод вызывается в index.php и проследить всю цепочку вызовов?