user у вас - объект, который не является примитивом, и с ним indexOf не сработает.
Варианты:
1) Держать параллельно массив с id юзеров и проверять наличие id в нем
2) Проходить по массиву и каждый элемент сравнивать с новым по id.
или выдумать еще что-нибудь
