Также, хочу отметить одну вещь:
если менять структуру файлов, не меняя названия файлов, а перемещая их по папкам, можно сделать
git pull origin master && git add -A && git commit -m "Коммит" && git push origin master
Я файлы начал помещать по папкам, из одной - в другую и т.п., после данной команды всё пушится отлично и безболезненно.
