Если ты не понимаешь как взаимодействует js с дом деревом - то попробуй например переписать свой бургер с чекбокса на button, чтобы по клику показывалось меню (обычно эти вещи так и делаются, а не через чекбокс). Как сделаешь бургер, делай выпадающее меню(не используя тег details), и так далее ты пойдешь кар работать с дом деревом и эти вопросы у тебя отпадут.
P.S. Если у тебя щас есть такие вопросы значит - смотреть в сторону фреймворков тебе ещё рано, изучи нормально основы js и только потом приступай к изучению фреймворков, имхо.