если файл еще открыт (можно посмотреть командой lsof)
lsof | grep -i
вторая колонка содержит pid процессов, пользующих этот файл
берем его и смотрим что лежит в директории файловых дескрипторов этого процесса
ls -l /proc//fd
эта команда выведет список открытых процессом файловых дескрипторов
l-wx------ 1 root root 64 Dec 15 17:48 17-> /home/vasya/megafile.odt (deleted)
нужный дескриптор копируем в новое имя файла
cp /proc//fd/17 /home/vasya/copy_.odt
вуаля