Решения решения вопроса при помощи cmd так и не нашел, разрешил проблему при помощи скрипта запрета на powershell.
$path = "$env:APPDATA\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates"
$user = "$env:UserName"
$Rights = "Write"
$InheritSettings = "Containerinherit, ObjectInherit"
$PropogationSettings = "None"
$RuleType = "Deny"
$acl = Get-Acl $path
$perm = $user, $Rights, $InheritSettings, $PropogationSettings, $RuleType
$rule = New-Object -TypeName System.Security.AccessControl.FileSystemAccessRule -ArgumentList $perm
$acl.SetAccessRule($rule)
$acl | Set-Acl -Path $path
